Respecto a seguridad para los archivos te recomiendo varios, que son los que he probado y funcionan excelente. Son OpenSource por lo cuál también tienes el bono extra que si sabes un poquito de programación podrás comprobar lo que usas.
TrueCrypt (pincha para página)
Éste es excelente, permite unidades virtuales cifradas con AES, Blowfish, Serpent o una combinación de los tres. Es extremadamente seguro y potente, además que casi no consume recursos y trabaja de forma transparente.
FreeOTFE (pincha para página)
Éste es como el anterior; es excelente también y provee muchísimas opciones más; sólo que es más complicado. Lo recomiendo si ya eres usuario intermedio de PC's ^^
Blowfish Advanced CS (pincha para página)
Este programa ya es para cifrar archivos singulares, permite muchos formatos de cifrado como el AES, Blowfish, Twofish, TripleDES y CAST; además de poder comprimir los datos cifrados y utilizar archivos llave. Es muy muy bueno si deseas un programa muy rápido; si bien éste no es tan veloz porque debes cifrar los datos tú y no actúa de forma transparente como TrueCrypt o FreeOTFE.